All modules for which code is available

• polyzymd.analyses.base
• polyzymd.analyses.shared.alignment
• polyzymd.analyses.shared.autocorrelation
• polyzymd.analyses.shared.binding_preference._aggregate
• polyzymd.analyses.shared.binding_preference._compute
• polyzymd.analyses.shared.binding_preference._models
• polyzymd.analyses.shared.binding_preference._orchestration
• polyzymd.analyses.shared.binding_preference._polymer
• polyzymd.analyses.shared.binding_preference._resolution
• polyzymd.analyses.shared.binding_preference_helpers
• polyzymd.analyses.shared.config_hash
• polyzymd.analyses.shared.convergence
• polyzymd.analyses.shared.defaults
• polyzymd.analyses.shared.groupings.base
• polyzymd.analyses.shared.loader
• polyzymd.analyses.shared.multi_run_comparison
• polyzymd.analyses.shared.multi_run_formatting
• polyzymd.analyses.shared.pbc
• polyzymd.analyses.shared.plotting
• polyzymd.analyses.shared.sasa
• polyzymd.analyses.shared.selections
• polyzymd.analyses.shared.selectors.base
• polyzymd.analyses.shared.selectors.polymer
• polyzymd.analyses.shared.selectors.protein
• polyzymd.analyses.shared.selectors.solvent
• polyzymd.analyses.shared.statistics
• polyzymd.analyses.shared.surface_exposure
• polyzymd.builders.enzyme
• polyzymd.builders.polymer
• polyzymd.builders.solvent
• polyzymd.builders.substrate
• polyzymd.builders.system_builder
• polyzymd.config.loader
• polyzymd.config.schema
• polyzymd.core.parameters
• polyzymd.core.restraints
• polyzymd.simulation.continuation
• polyzymd.simulation.runner
• polyzymd.workflow.analysis_slurm
• polyzymd.workflow.daisy_chain
• polyzymd.workflow.slurm