All modules for which code is available

• polyzymd.analyses._framework.aggregate_validation
• polyzymd.analyses._framework.comparison_models
• polyzymd.analyses._framework.contexts
• polyzymd.analyses.base
• polyzymd.analyses.discovery
• polyzymd.analyses.exceptions
• polyzymd.analyses.mda.aggregation
• polyzymd.analyses.mda.artifacts
• polyzymd.analyses.mda.base
• polyzymd.analyses.mda.comparison
• polyzymd.analyses.mda.frame_selection
• polyzymd.analyses.mda.job
• polyzymd.analyses.mda.lifecycle
• polyzymd.analyses.mda.pair_distance
• polyzymd.analyses.mda.plugin
• polyzymd.analyses.mda.store
• polyzymd.analyses.mda.universe
• polyzymd.analyses.orchestrator
• polyzymd.analyses.shared.aa_classification
• polyzymd.analyses.shared.autocorrelation
• polyzymd.analyses.shared.centroid
• polyzymd.analyses.shared.convergence
• polyzymd.analyses.shared.groupings.base
• polyzymd.analyses.shared.inferential_statistics
• polyzymd.analyses.shared.loader
• polyzymd.analyses.shared.multi_run_comparison
• polyzymd.analyses.shared.multi_run_formatting
• polyzymd.analyses.shared.paths
• polyzymd.analyses.shared.plotting
• polyzymd.analyses.shared.selections
• polyzymd.analyses.shared.selectors.base
• polyzymd.analyses.shared.selectors.polymer
• polyzymd.analyses.shared.selectors.protein
• polyzymd.analyses.shared.selectors.solvent
• polyzymd.analyses.shared.statistics
• polyzymd.analyses.shared.window
• polyzymd.builders.enzyme
• polyzymd.builders.polymer
• polyzymd.builders.solvent
• polyzymd.builders.substrate
• polyzymd.builders.system_builder
• polyzymd.config.loader
• polyzymd.config.schema
• polyzymd.core.parameters
• polyzymd.core.restraints
• polyzymd.simulation.continuation
• polyzymd.simulation.runner
• polyzymd.workflow.analysis_slurm
• polyzymd.workflow.daisy_chain
• polyzymd.workflow.slurm